I tillegg til preferansetoll gjennom EØS-avtalens protokoll 9 og det såkalte Fiskebrevet, har Norge til sammen 49 tollfrie kvoter oppnådd gjennom kompensasjonsforhandlingene i forbindelse med utvidelsene av EU.

Tollkvotene ble fastlagt på grunnlag av tidligere handel mellom Norge og de nye medlemslandene. Formålet var å opprettholde den eksisterende handelen.

Ved siden av de bilaterale kvotene har EU også etablert autonome tollkvoter som er etablert for å sikre råstoff til EUs industri. Disse kvotene kan benyttes av alle land uavhengig av opprinnelsen på fisken. EU har også gjennom WTO forpliktet seg til å etablere Gatt-kvoter for en rekke produkter. Gatt-kvotene kan benyttes av alle medlemsland i WTO.

Det finnes totalt 75 ulike kvoter som kan gi tollfrihet eller tollreduksjon for en rekke fiskeprodukter som eksporteres til EU. I de tilfeller der det er mulig bør Gatt eller Autonome kvoter benyttes før en kompensasjonskvote. Kvotene fungerer etter 'først til mølla prinsippet' ved innfortolling i EU. Det er dessverre ingen automatikk for å få trekk på disse kvotene. Den som foretar innfortollingen i EU må søke om trekk på de ulike kvotene via innførselsdeklarasjonen til EU.

Når de norske kompensasjonskvotene skal benyttes må det også legges fram et opprinnelsesbevis ved innfortollingen i EU. Når fisk eller fiskeprodukter eksporteres under en kvote fastsatt i en av kompensasjonsavtalene skal NORGE angis som opprinnelsesland. Dersom kvoten på importtidspunktet til EU er oppbrukt, vil en eventuell EØS preferanse bli innvilget.

Vareomfanget innenfor tollkvotene kan i enkelte tilfeller kun gjelder visse produkter innenfor et varenummer og kan også ha krav om at varen skal til bearbeiding i EU. Nærmere informasjon vil fremkomme av tekst i forordninger utgitt av EU som finnes som vedlegg til Tolltariffen til EU som utgis av Norges sjømatråd.

Norges sjømatråd publiserer ukentlig en oversikt som viser hvor mye som gjenstår for alle tollkvotene.